Anche nell'Antico Testamento lo Spirito Santo viene associato alla trasformazione della natura umana. In Isaia 63:10,11 si fa riferimento all'e sodo e alla vita nel deserto; sia qui, dove il profeta dice che Israele contristò lo Spirito Santo di Dio, sia quando si dice che Egli diede loro il Suo «buono Spirito» per istruirli (Nehemia 9:20), si fa riferimento allo Spirito come a Colui che ispira la bontà morale (cfr. anche il Salmo 143:10). Davide riconosceva che lo Spirito è ovunque, che investiga le vie dell'uomo e getta la luce di Dio nei recessi più oscuri della vita. Dopo il suo grande peccato egli pregò che lo Spirito Santo di Dio, la presenza santificatrice di Dio, lo Spirito che influenza il carattere non gli fosse tolto (Salmo 51:11).

Tuttavia, nell'Antico Testamento non viene posta molta enfasi su questo aspetto dell'opera dello Spirito. Il nome "Spirito Santo" viene ripetuto solo tre volte nell'Antico Testamento, contro le ottantasei volte del Nuovo; questo lascia supporre che nell'Antico Testamento si insista piuttosto su quegli interventi dello Spirito che spingevano gli uomini scelti da Dio a fare determinate cose (azione dinamica dello Spirito), mentre nel Nuovo Testamento l'enfasi è posta sulla Sua potenza santificatrice.