(Santificazione interiore; I Corinzi 6:11; II Tessalonicesi 2:13; I Pietro 1:1,2; Romani 15:16).

La santificazione per lo Spirito Santo di cui parlano questi passi è quella che dà inizio all'opera di Dio nell'anima umana, portando quest'ultima alla piena conoscenza della giustificazione che si ottiene mediante la fede nel sacrificio di Cristo. Come lo Spirito si muoveva sopra il caos primitivo (Genesi 1:2) e fu seguito dalla Parola di Dio che portò l'ordine, così lo Spirito di Dio si muove sopra l'anima rigenerata, aprendola perché riceva la luce e la vita di Dio (II Corinzi 4:6).

Il decimo capitolo degli Atti degli Apostoli dà un esempio concreto della santificazione per lo Spirito Santo. Durante i primi anni della Chiesa l'evangelizzazione dei Gentili fu ritardata, perché molti cristiani-giudei li consideravano «impuri» e non santificati, in quanto non si conformavano alle leggi relative ai cibi e ad altre regole mosaiche. Ci volle una visione dal cielo per convincere Pietro che ciò che il Signore aveva purificato non doveva essere chiamato impuro o immondo; quella visione significava che il Signore aveva provveduto per la santificazione dei Gentili, perché fossero Suo popolo. Quando lo Spirito del Signore cadde sui Gentili riuniti nella casa di Cornelio, non rimase più nessun dubbio in proposito. Indipendentemente dal fatto che essi seguissero o meno le ordinanze mosaiche, furono santificati per lo Spirito Santo (Romani 15:16) e Pietro sfidò i Giudei che erano con lui a negare il segno esteriore della loro purificazione spirituale (Atti 10:47; Atti 15:8).